تعلم في الكتاتيب خلال المرحلة الأولى كما تعلم الخط ومقدمات اللغة العربية وحفظ القرآن الكريم قبل بلوغه سن العشرين على يد الأستاذين الملا أحمد المرهون المتوفى قرابة سنة 1351هـ والشيخ عبدالحي المرهون المتوفى سنة 1366هـ. وأراد لنفسه الاستزادة في التحصيل فأرسله والده عام 1354هـ للنجف لدراسة العلوم الدينية وقد أقام هناك ستة أعوام تتلمذ فيها على يد جملة من العلماء الأفاضل. عاد إلى القطيف أواخر شهر شوال للعام 1360هـ. وواصل دراسته في القطيف بعد إيابه إليها وفي خلالها امتهن الخطابة وبعد وفاة والده طلب منه أن يحل محله في إمامة الجماعة.
• والده وإخوانه:هو العلامة الشيخ منصور المرهون – رحمه الله- المتوفى سنة 1362هـ والذي يرجع أصله إلى أسرة المرهون العلمية المنتشرة في أرجاء المنطقة حيث قام بأعمال هي محل أنظار الواعين إلى هذا اليوم، فقد بذل ما في وسعه من أجل تفعيل الحركة الثقافية والعلمية في القطيف، فأقدم على إنشاء حوزة علمية بها ولكن لم يكتب لها النجاح وقد استفاد من خطاباته لبث الفكرة وتشجيع الناس على دعمها ليعيد للقطيف شيئاً من ماضيها، كما تحدث مع العديد من العلماء والشخصيات حول سبل تنفيذ فكرته.
علاوة على ذلك، فقد كانت للعلامة الشيخ منصور المرهون –رحمه الله- حلقات علمية وأدبية وثقافية نشطة. لقد ضمت أسرة المرهون العديد من الفضلاء من أبناء العلامة الشيخ منصور المرهون الذين ساروا على نهجه في العلم والثقافة والورع، فقد نبغ منهم العلماء والخطباء والأدباء كالعلامة الشيخ علي المرهون – أبقاه الله- وإخوانه الأفاضل كلٍ من:
1- الملا سعيد المرهون – خطيب معروف.
2- الملا محمد المرهون- خطيب وشاعر.
3- الملا عبد العظيم المرهون – خطيب وأديب.
4- الشيخ محمد حسن المرهون – إمام مسجد الدبابية وخطيب معروف.
5- الشيخ عبد الحميد المرهون – إمام جماعة في أم الحمام ومن أبرز الخطباء.
6- الملا صادق المرهون – خطيب حسيني.
7- الملا كاظم المرهون – خطيب حسيني.
8- الحاج إبراهيم المرهون.
2- الحياة العلمية لسماحة العلامة المرهون / هجرته إلى النجف
كان للعلامة الشيخ منصور المرهون دورٌ كبيرً في توجيه سماحة العلامة الشيخ علي المرهون – حفظه الله- لتحصيل العلوم الدينية والعربية حيث كان أستاذه الأول و الباعث على مواصلة المسير العلمي. فتلقى تربيته العلمية والإيمانية والأخلاقية في كنف أبيه من ثم التحق بالحلقات العلمية في القطيف في ذلك الوقت فتتلمذ على أيدي أساتذتها في مقدمات اللغة والأصول والفقه والمنطق. وقد درس سماحته على أيدي كبار العلماء من القطيف أمثال الشيخ فرج العمران والشيخ طاهر القطيفيين.
ولم يزل متوجهاً نحو ضالته المنشودة وسائراً تجاه غرضه المقصود حتى استفزه الشوق الأكيد إلى الرقي عن حضيض الهمجية والتقليد إلى أوج الحضارة والاجتهاد الصميم فغادر وطنه القطيف نافراً إلى النجف الأشرف معدن العلم ومأوى النبوغ ومطمح أنظار أهل الكمال وذلك يوم الخامس من شهر شعبان المبارك سنة 1354هـ. فشمر عن ساعد الجد واجتهد حسب الوسع والطاقة البشرية وأكب على التحصيل وطلب العلم النافع الديني الأخروي الكمالي. وفي بداية سفرته للنجف تتلمذ على يد جهابذتها وعلمائها في ذلك الوقت من بينهم:
1- الشيخ علي الجشي.
2- الشيخ طاهر المحمري.
3- الشيخ حسن بن علي المحروس.
4- الشيخ محي الدين البغدادي.
5- الشيخ طاهر ابن الشيخ حسن ابن الشيخ بدر.
6- الشيخ كاظم ابن الشيخ عمران الأحسائي.
7- الشيخ هادي حموزي.
8- السيد إبراهيم المقرم.كما تتلمذ على يد فضلاء الحوزة العلمية كالسيد محسن الحكيم ( قدس سره)، حيث كان يحضر بحثه الخارج لسنوات طويلة والسيد محمد باقر الصدر(قدس سره) الذي كان يزور الشيخ بنفسه خلال تواجده في العراق، وكذلك الشيخ محمد حسين كاشف الغطاء (رحمه الله) والشيخ محمد تقي الجواهري وغيرهم..
وإلى جانب دراسته الحوزوية في النجف كان يدرس في كلية المظفر التابعة لجامعة بغداد والمعروفة آنذاك بكلية الفقه وقد كان الانضمام إليها يتطلب معرفة كافية بعلم الفقه والأصول وغيرها من العلوم الأخرى. وقد درس على يد السيد محمد جمال الهاشمي بحث شرح التجريد والأصول الديني لنصير الدين الطوسي وشرح العلامة الحلي.
• مسكنه في النجف
سكن العلامة المرهون أول أمره مدرسة الآخوند الصغرى مدة ثلاث سنوات تقريباً ثم سكن المدرسة المهدية مدة سنة تقريباً لينتقل بعدها إلى مدرسة الشيخ محمد حسين كاشف الغطاء رحمه الله التي استمر فيها حتى نهاية إقامته.
3- حركته الاجتماعية في النجف
كان سماحة العلامة المرهون – حفظه الله – على علاقة واسعة بالمرجعيات والشخصيات الدينية في النجف الأشرف على مدى سنين طويلة. ولم يكن طالب علم لدى العلماء فحسب بل عمل كأستاذ في مدرسة الشيخ محمد حسين كاشف الغطاء التي تخرج منها على يديه عدد كبير من العلماء وعلى رأسهم الشيخ محمد تقي المعتوق أحد علماء جزيرة تاروت.
كما ويعتبر إحدى القنوات المتحدثة عن تاريخ وحضارة القطيف ومصدراً يُرجع إليه في تاريخ المنطقة بل ومصدراً لنقل تاريخ مدينة النجف إلى الطلاب الدارسين هناك. وقد أولى طلاب العلم اهتماماً خاصاً وعمل العديد من الأنشطة الرامية إلى إنعاش الطاقات وإبراز الكفاءات من أبناء المنطقة، ومن ضمن أنشطته هناك:
الدعوة لإقامة الجلسات الأدبية بمشاركته وحضوره لتداول مختلف الجوانب الأدبية وحث من خلالها الطلبة على حفظ الشعر وكتابته وغالباً ما كان يدور الحديث حول الشواهد الأدبية في اللغة وإعرابها.
إقامة مجالس الخطابة الحسينية للمبتدئين من الطلبة ودعوة كبار الشخصيات العلمائية في النجف للحضور والاستماع.
التشجيع على زيارة العلماء وطرح مختلف المسائل العقائدية والفقهية مباشرة , زيارة الطلاب يومياً بعد زيارته لحرم أمير المؤمنين – عليه السلام – وتفقد أحوالهم.
ولم تكن هذه الرعاية والاهتمام لأبناء منطقته فحسب بل كانت شاملة لجميع الطلبة والدارسين فأصبح يتحسس أحوالهم المعيشية ولا يسمح أبداً بوجود نقص مادي لدى طالب العلوم الدينية فكان يقدم المبالغ المالية لتصريف شؤون حياتهم والاستمرار في مواصلة الدروس في الحوزة العلمية.